有马公生的母亲一心想把公生培育成举世闻名的钢琴家，而公生也不负母亲的期望，在念小学时就赢得许多钢琴比赛的大奖。11岁的秋天，公生的母亲过世，从此他再也听不见自己弹奏的钢琴声，沮丧的他也只好放弃演奏，但在14岁那年，经由儿时玩伴的介绍，公生认识了小提琴手宫园薰，并被薰的自由奔放吸引，没想到薰竟开口邀请公生在比赛时担任她的伴奏…
远野贵树因为父母调职而转校来到东京的小学。一年后，篠原明里也转校来到同一班级。两人因体弱多病，不擅长运动，而喜欢独自待在图书馆。虽然年纪还小，可是两人还是互相吸引，对方在自己心中的存在渐渐变得无法取代。但是，两人亲密的世界因明里再度转校而悲哀地告终。之后，贵树一直努力地适应没有明里的世界。但在中学一年级的夏天，贵树收到明里写给他的信时，感情一下子再度涌现。他们开始通信，并再次得到能够互相传达心意的幸福。那年冬天，贵树要转校去一个遥远的地方。比现在分开得更远，可能再也不能见面。于是两人在信中约定：在放学后贵树乘电车到明里身处的栃木县岩舟车站，会合时间是晚上七时[3] 。1995年3月4日，从早上开始下着寒冷的雨，中午时雨又变成了雪。放学后，贵树按约定乘坐电车前往岩舟车站。因下雪的缘故电车发生了晚点与停运，导致贵树错过了约定的时间，但在到达岩舟车站候车室时发现明里依然在等着他。候车室内贵树吃过明里做的茶点，其后与明里一同前往其信中所提到的樱花树，并在树下交换了初吻。那天晚上，两人在田边的仓库休息了一晚。次日，贵树乘坐早上的第一班电车和明里告别了。
中学二年级的第一天，澄田花苗看到从东京转校过来的远野贵树时，就已经喜欢上他。无论上课时还是放学后，甚至带狗在海边散步时，花苗都会在视线的一角寻找他的身影。为了和贵树在同一所高中而拼命温习，虽然合格了但还是没有向他告白的勇气，一直都暗恋着贵树。1999年，高中三年级的夏天，不但受姐姐影响而在高中开始的滑浪陷入了低潮，而且也决定不了毕业后的出路。虽然花苗对贵树的思念愈来愈强烈，但只是为了装作偶然遇上而一起回家。在高中生活只剩下半年时，感到焦急的花苗做了一个决定：能够在滑浪时再次站起来，就向贵树表白[3] 。为此，花苗努力练习滑浪，成功地在滑浪时再次站起来。某日放学后，花苗打算向贵树告白，却发现贵树的心里并没有她，而忍住了告白，但依然喜欢着贵树。高中毕业后，贵树考取东京的大学。在其离开种子岛时，花苗前往机场目送贵树乘坐飞往东京的班机。
2007年的东京，远野贵树在从事系统工程师的工作，过着忙碌的日子。出来社会工作后，季节和季节、年和年之间的区分变得暧昧起来，不知不觉就过了数年。那年年尾，贵树和交往了3年的水野理纱分手了。2008年，贵树在春天来临前辞职了。他既觉得有无数的理由要他这样做，同时又觉得能令自己接受的理由其实一个也没有。不久空气慢慢变得暖和，樱花的季节也到访东京。在一个恬静的平日，中午过后，贵树披上薄外套，走在街上[6] 。经过铁道时，与迎面而来的女子擦肩而过的瞬间，猛然想起了多年未见的明里。在通过铁道缓缓转过身，两人目光交错，就在心与记忆即将沸腾的瞬间，却被疾驰而过的小田急线列车挡住了视线。而在电车通过时贵树就已在心中下了决定，待电车通过后发现女子早已离去时微微一笑转过身去。
2039年，地球的调查队曾在火星上遭到外星文明Tarsian的袭击而导致全灭的命运。而7年以后的2046年，地球人已经利用从Tarsian手中得来的科技建立起了强大的宇宙军，初步在近地球圈打败了Tarsian，保住了地球的安全并开始组织远征入反攻状态。
初三女生长峰美加子和她的同学寺尾升是一对恋人，每次放学后美加子总是搭着升的单车回家，并在路上谈论他们的未来。后来，美加子作为人形战机“追猎者”的驾驶员被选拔进了由超大型母舰“吕西忒亚”号为旗舰，出发追击Tarsian。
14岁的美加子踏上了宇宙行程，在火星接受了紧张而短暂的训练后便投入了对Tarsian的作战。在紧张的战斗之余，使用短信和阿升互诉情衷就成了美加子的必修课。但随着追击距离的增加，发送e-mail所需的时间也越来越长，两个人都陷入了寂寞的等待中。
在激烈的奥尔特星云之战过后，地球军不顾自身的技术劣势，大范围时空转移到距离地球8.6光年的天狼星α、β星系追击Tarsian败退的残余部队。在天狼星美丽的草原上，Tarsian的主力部队出现在星球上空，将地球军死死围困，美加子抛却一切情感上的包袱投入作战。她不顾座机早已伤痕累累，冒着敌人小型战斗机疯狂的阻截，拼尽全力和对方的战舰展开近距离战斗，最终严重破坏了对方的母舰。支离破碎、失去动力的追猎者消失宇宙空间中，美加子含泪向远方的升微笑着：“升，我在这里啊。”
8年后，宇宙远征军的战况传到了地球：陷入混战的其他战机战舰被全部摧毁无人生还，唯一“幸存”的吕西忒亚号也因为能源耗尽在摆脱追击时不知所踪。而这天，已经加入地球军，即将奔赴战场的阿升也收到了8年前美加子的发出的短信。他抬头仰望蓝天，回应着看不见的爱人：“美加子，我在这里啊。”
为了方便妻子草壁靖子养病，草壁达郎决定带着两个女儿草壁皋月和草壁梅搬到草壁靖子所在疗养院附近的乡下，父女三人入住了一间年久失修的老房子。小姐妹俩很快发现看似平凡无奇的乡下有很多神奇的事物，无人居住的房屋里能聚能散还能飞的“煤灰”、森林里的小精灵、森林的主人龙猫和笑口常开的猫巴士。
一天，妹妹草壁梅和姐姐草壁皋月吵了架之后，便独自出走去找自己生病住院的妈妈，途中却迷了路。姐姐在四处寻找无果的情况下，只好求助于龙猫。善良而温和的龙猫唤来猫巴士，载着姐姐找到了迷路的妹妹，乘着龙猫电车，妹妹把亲手摘的玉米送给了妈妈，希望她早日康复。
男主角黑崎一护是个看似颓废、单薄，却十分热血的少年，并且拥有能看见灵的体质。家里有一个开少儿诊所的老爸和两个性格绝对正常的妹妹夏梨和游子，一护每天七点必须按时回家否则老爸便会使用“身体语言教训”的家规教训一护。吵闹的父子，懂事的妹妹以及与其他普通人无差异的生活。
等到朽木露琪亚被他一脚踢到墙角并满脸惊疑地望着他问“你能看见我？”时序幕才这样被他正式地揭开。 从此黑崎一护身边所有的事物都翻天覆地的变化。
在一个宁静的小山村里，少女渡濑明日菜时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石（歌薇丝）作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。渡濑明日菜决定找森崎老师了解有关雅戈泰的传说，便在放学后去老师家里。森崎老师的妻子很早去世了，真实身份是隶属某个神秘组织的士兵。森崎老师给明日菜讲述了关于地下世界的事情。晚上明日菜在回家的途中碰到了咪咪，明日菜在追咪咪的时候碰到了和瞬长得特别像的人。但是他们遭到了一群蒙面士兵的袭击。男孩带着明日菜躲到了岩洞中，但还是被士兵他们找到。士兵逼迫明日菜用歌薇丝打开雅戈泰的大门，士兵摘掉头盔，原来他就是森崎老师。男孩告诉明日菜他其实是瞬的弟弟——心，他来到地面上就是想拿走歌薇丝，他拿走明日菜脖子上的歌薇丝后便走了。明日菜决定跟着森崎老师一起深入雅戈泰寻找复活的秘密。由此两人展开一段冒险之旅。
两人跟随着谢库纳·威玛纳行走，走了很久，过着风餐露宿的生活。同时，村内的长老命令心把明日菜他们赶走，并拿回明日菜父亲留给她的遗物歌薇丝，心剪掉头发骑上马匹出发了。一个雨夜，森崎老师回想起自己的妻子，自己因为打仗的原因，而没有见到妻子最后一面。晚上当他们睡着的时候，明日菜被夷人抬走。早上明日菜醒来发现自己身上一个废弃的古堡里，她看到一个不会说话的孩子在哭泣，而夷人也爬上来想要攻击他们。就在此时，心突然出现救了她们。而老师也在咪咪的带领下找到了昏迷的明日菜他们。两人带着受伤的心和小女孩来到了一个小村子。村里的人不让他们进村子，但是因为小女孩是村里一位长老的孙女，长老为了报答他们，允许他们在自己家里住一晚上。长老向他们解释关闭雅戈泰的原因。早上，明日菜和老师坐船走了，但是这回咪咪却不再愿意跟他们一起走。心醒来时发现咪咪已经死了，小女孩把咪咪交给了亚得利科。同时，心看到了昨天白天不让他们进村的那群人朝着生死门追去，心明白他们是想杀死明日菜，二话不说骑上马追去。果真那群人来到了明日菜他们面前想要杀死他们，心也恰好赶来，与他们展开了激烈的战斗，明日菜他们则趁机逃走。明日菜他们终于到了菲尼斯·特拉，生死门所在的悬崖边。面对陡峭的悬崖，老师二话不说就爬下去了，但是陡峭的悬崖让明日菜感到害怕，最终她放弃了。
明日菜听从老师的话，沿着原路返回，路上她为了避免夷族的袭击，不得不走水路。而那群人在打败心以后便走了。在回去的路上，明日菜不断的回想以前，明白了自己仅仅是因为太寂寞才来到雅戈泰的。夜晚再次降临，但是明日菜所在的地方已经没有水了，夷族的人围攻过来想要吃掉她。而就在此时，心突然出现救了她，天也亮了，夷族的人全都消失了。两人抬头看到了谢库纳·威玛纳往生死门的方向去，两人追上去，在克查尔特的帮助下顺利到达可“查尔特的墓场”，而老师也历经千辛万苦到达那里。歌薇丝突然亮了，谢库纳·威玛纳出现了，老师向谢库纳·威玛纳说出了自己的愿望，希望自己的妻子丽莎复活。谢库纳·威玛纳让丽莎的灵魂出现，但是想让丽莎完全复活，就必须交出可放进灵魂的肉体。而这时，明日菜突然出现，丽莎的灵魂进入明日菜体内。明日菜变成了丽莎，谢库纳·威玛纳也夺走了老师的一只眼睛作为代价。心为了救明日菜不停的用刀子戳歌薇丝，终于歌薇丝破碎了，明日菜也变回来了。
谢库纳·威玛纳走了，明日菜和老师他们也踏上了回家的路。明日菜回到了地上，而老师和心决定留在地下。
魔法少女一旦到了13岁就必须离开家进行为期一年的独立修行，琪琪也不例外。她带着黑猫吉吉来到一个靠海的大城市中，可是谁都不搭理她。沮丧的琪琪偶然替别人送去一件遗失品，从而获得了面包店老板娘的好感。在她的帮助下，琪琪利用自己的飞行魔法开始了快递业务。
渐渐地，琪琪习惯了新的环境，工作也进行得很顺利，她结识不少新朋友。一个热衷于制造飞机的男孩“蜻蜓”邀请琪琪参加飞行俱乐部的聚会。在聚会当天，琪琪为了帮助一位老夫人送东西而没有去成，并在雨中得了感冒。琪琪突然发现自己的魔法能力正在削弱。好友乌尔斯拉邀请情绪低落的琪琪去自己家玩，在她的安慰下琪琪又恢复了自信。电视里播出“蜻蜓”开飞机试飞遇险的新闻，琪琪骑上拖把奋力飞往出事地点，成功救下“蜻蜓”。