少年时，贵树和明理是形影不离的好朋友，可很快，一道巨大的鸿沟便横亘在两人中间：明理转学，贵树也随着父母工作的调动搬到遥远的 鹿儿岛。在搬家前，贵树乘坐新干线千里迢迢和明理相会，在漫长的等待后，茫茫大雪中，两人在枯萎的樱花树下深情相拥，并献出彼此的first kiss，约定着下一次再一起来看樱花。
时光荏苒，两人竟再没见过，虽然在人海中一直搜寻彼此的身影，但似乎总是徒然。再后来，他们分别有了各自的生活，只是还偶尔会梦到 13岁时的这段青涩而美好的感情，才明白当年怎么也说不出口的那个字就是爱。
《侧耳倾听》的故事发生在1994年，作画的背景大部分来自东京附近的多摩市中心，一切都来得很平凡很真实，就好像事情是在身边发生似 的。本片并没有像大部分的少女题材故事一样，男女主角都沉浸在呼天抢地，终日徘徊在生死边缘的爱情中，而是两人互相勉励互相学习，各自 为各自的理想而奋斗，这与现今很多青少年的读好书为赚大钱的想法有着很大的不同。
工业文明的高度发展，却最终带来灾难，一场为期7天的虫族毁灭战争摧毁了人类文明。一千年后，工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个 星球。带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的“腐海”森林，随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界。在一片腐海森 林的旁边，居住着一群御风而行的人类。女主角娜乌茜卡和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀，过着平静祥和的生活。
直到某一天，战火烧到了这里。西方强国特洛梅意欲重新建立人类霸权，他们计划统一周边诸国，然后向虫族发起总攻。另一方面，一千年 前曾主导摧毁人类的上古怪兽“猛怪”重现人间。毁灭战争一触即发，人类的命运将会如何……
金鱼姬是一条活泼好动的小鱼，一次偶然的机会，它在涨潮时被冲进了玻璃瓶中无法脱身。此时，刚好来海边度假的男孩宗介路过，帮它 解困，从此人鱼相识。宗介把金鱼抱回家里喂养，一起玩耍，感情甚笃。由于海员父亲终日出航，宗介只得跟母亲相依为命，这让他的性格孤僻 自闭，甚至对长辈也不理不睬。但是，遇到金鱼姬后，宗介逐渐改变了对生活的冷漠态度，这也让他慢慢修复了性格中的缺陷……